接种器械灭菌器的灭菌原理主要依赖于高温高压蒸汽或特定的灭菌气体（如环氧乙烷）进行灭菌处理。

在高温高压蒸汽灭菌的情况下，接种器械灭菌器会产生高温高压的蒸汽，这种蒸汽能够迅速杀灭包括细菌、病毒、真菌、芽孢等在内的各种微生物。这种方法的优点是灭菌效果可靠，能够保证接种器械的卫生和安全。

对于使用特定灭菌气体的接种器械灭菌器，如环氧乙烷灭菌器，则是通过气体与微生物体内的蛋白质、核酸等发生作用，破坏微生物的代谢，使其失去活性，从而达到灭菌的效果。

此外，还有一种接种器械灭菌器是采用紫外线杀菌的方式。紫外线能够破坏细菌和病毒的核酸分子，阻止其复制，从而达到杀菌的目的。

总的来说，无论是高温高压蒸汽、灭菌气体还是紫外线，接种器械灭菌器都能有效杀死接种器械上的病原体，确保在接种过程中不会传播疾病，提高接种的安全性和效率。